アウベスのハットトリックを含む4-0で勝利しスーパカップ初制覇。 2006年、西野体制5年目。 また、AFCよりアジア年間最優秀クラブ賞を受賞し、監督の西野がアジア年間最優秀監督賞を受賞した。決勝では川崎と対戦し、優勝。
ユナイテッドに2戦合計5 – 0（第1戦 3 – 0、第2戦 2 – 0）で勝利し、クラブ史上初、Jリーグ勢では1999年（AFCチャンピオンズリーグの前身であるアジアクラブ選手権）の磐田、2007年の浦和に次ぐ3クラブ目となるアジア制覇を果たす。柏から元日本代表のMF明神智和、日本代表のDF加地亮らを獲得。柏との決勝は延長後半に途中出場の播戸の先制点が決勝点となり1 – 0で勝利し、前身の松下電器時代の1990年度大会以来、18年ぶり2度目の優勝を果たす。
天皇杯では、Jリーグ加入後初（前身の松下電器時代を含めると16年ぶり）の決勝進出を果たしたが、浦和に敗退した。 リーグ戦は最終節前で浦和に勝点3差の2位であったが、最終節の浦和との直接対決に2-3で敗れ、リーグ連覇はならなかった（最終順位は3位）。新婚旅行出発の１週間前にやっと日程出たと思ったら、スタジアムツアーの開催されない日だったのです。 3位決定戦は北中米カリブ海王者のパチューカに1 – 0で勝利し、前年の浦和に続き大会3位となった。
中断明けの浦和との直接対決に敗れ、最終的に2年連続の3位に終わったが、浦和が前年度の天皇杯とAFCチャンピオンズリーグ2007を優勝したため、ACLの大会規定により天皇杯優勝枠でAFCチャンピオンズリーグ2008の出場が決まった。 2年ぶりに出場したAFCチャンピオンズリーグ2008では準決勝で前年覇者である浦和とのACL史上初のJリーグ勢対決を2戦合計4 – 2（第1戦 1 – 1、第2戦 3 – 1）で制すると、11月12日の決勝ではオーストラリアのアデレード・
ナビスコ杯では、2年ぶりに決勝進出。初出場したAFCチャンピオンズリーグ2006はマグノ・アウベスが8得点で大会得点王を獲得したが、グループリーグで敗退。 マラガは優れた育成組織を持つことで全国的にも有名であり、輩出されたタレントも数知れず。
育成事業を行うこととなり、「FC三鷹」の設立を行いました。一方で、リーグ戦はシーズン序盤でやや躓くと、立て直してきた中盤には播戸竜二が肝機能障害、遠藤がウイルス感染症で離脱。 アウベスと、7年ぶりにG大阪復帰となる播戸竜二。 2008年、西野体制7年目。
2009年、西野体制8年目。 この年、アラウージョがクラブのシーズン最多得点となる33得点を挙げ、クラブでは1998年のエムボマ以来となる得点王と、クラブ初となるリーグMVPを獲得。即時奪回しに寄せる時と、すぐ下がって引いて守る時の判断がしっかりしていますね。 リーグ戦は、クラブ初となる開幕4連勝で波に乗り、中断期間まで12勝5分け1敗と好調のまま首位。 しかし、2ndステージでは先制しながらも試合終了間際に失点し逆転負けするゲームが頻発したため、7月23日の2ndステージ第5節川崎戦敗北後に城福を解任。
ダイナモに夫々勝利し、1992年のクイーンズカップ以来となる16年ぶりに国際タイトルを獲得した。 7月30日、スルガ銀行チャンピオンシップでアルゼンチンのアルセナルFCと対戦し、0 – 1で敗れた。天皇杯はクラブワールドカップとの日程が並行したため、準々決勝以降は中2・ 12月、日本で開催されたFIFAクラブワールドカップ2008は初戦の準々決勝でこの年3度目の対戦となったアデレードに1 – 0で勝利。 リーグ戦終了後、宮本恒靖がオーストリアのレッドブル・
最終順位は8位に終わった。 ラムゼイはリバプール加入にあたり、クラブを通じて「世界最大級、いや、世界最大のクラブでプレーできることは、大きな達成感がある」と喜びを語り、「トレント(アレクサンダー・アーノルド)やハービー(エリオット)のような若い選手もたくさんプレーしてきたし、他にもたくさんいる。